Я снимал так (только лучше бы со штативом):
Держал фотоаппарат в одной руке, а на вторую просил ребенка смотреть и руку двигал так, чтобы минимально проявлялось косоглазие. С кем не получалось делал нормальный кадр с одним "правильным" глазом, а потом второй кадр чтобы второй глаз "поставить" в нужное место и в шопе глаза менял
Но лучше все равно либо подбирать ракурс, либо немного оставлять дефект, чтобы не сильно от действительности отличалось. Исправлято то оно хорошо, но некоторые родители понимают, что в жизни по другому и просят либо оставить как есть, либо только чуточку подправить.