Понятно. Можно, конечно, скриптом сливать подобное с подобным (т.е. группировать слои по типу наложения и сливать их этими группами вместе), скорее всего будут небольшие проблемы с корректирующими слоями (но, думаю, их тоже можно решить).
Я последние года 3 забил на уменьшение размера шаблонов и тупо работаю как есть (единственное - в группы слои объединяю, чтобы глаза не мозолили) - файлы не сильно больше, но зато возиться не нужно...